[파이썬]8.1 DNA 프로젝트

1) DNA와 프로틴 시퀀스 데이터를 수동 다운로드

2) 파이썬으로 DNA 데이터를 열고 가공하기

3) DNA를 아미노산으로 변환하는 알고리즘

4) 변환한 아미노산 서열과 사이트에서 다운로드한 것이 일치하는지를 비교

 

1) DNA와 프로틴 시퀀스 데이터를 수동 다운로드

• NCBI(http://ncbi.nlm.nih.gov) 접속
• NM_207618.2 검색
• NM_207618.2.fna 다운로드

2) DNA를 아미노산으로 변환 코드

genetic_code = {

'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',

'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',

'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',

'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',

'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',

'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',

'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',

'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',

'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',

'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',

'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',

'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',

'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',

'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',

'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_',

'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W',

}

 

3) 전체 코드  

 

from google.colab import drive

drive.mount('/content/drive')

 

# In[11]: p.140

def convert(seq):

    """DNA 시퀀스를 아미노산 시퀀스로 변환"""

    genetic_code = {

        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',

        'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',

        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',

        'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',

        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',

        'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',

        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',

        'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',

        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',

        'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',

        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',

        'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',

        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',

        'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',

        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_',

        'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W',

    }

    protein = ""

    if len(seq) % 3 == 0:  # 데이터의 길이가 3의 배수이면 아래를 실행

        for i in range(0, len(seq), 3):

            codon = seq[i : i+3]

            protein += genetic_code[codon]

    return protein

convert(dna[20:938])

# print(convert(dna[20:938]))